Ông Nguyễn Hữu Thắng được bổ nhiệm vào vị trí HLV trưởng của ĐT Việt Nam từ tháng 3/2016 với nhiệm vụ giành vé vào chung kết AFF Cup 2016. Đây là lần thứ hai trong lịch sử AFF Cup, một HLV nội được trao cơ hội để dẫn dắt ĐTQG, sau HLV Phan Thanh Hùng. Khác với ông Miura, cựu trung vệ này đã chọn những cầu thủ mới nổi của Học viện HAGL - Arsenal JMG như Công Phượng, Xuân Trường, Văn Thanh, Văn Toàn… vào ĐT Việt Nam. Ông Thắng cũng sử dụng những cầu thủ của SLNA như Nguyên Mạnh, Văn Hoàn, Trọng Hoàng, Hoàng Thịnh, Công Vinh, Ngọc Hải, Đình Đồng, Phi Sơn, Ngọc Đức… có tinh thần ra sân luôn quyết chiến vì “màu cờ sắc áo” để làm lực lượng cho tham vọng của đội nhà.

Rơi vào bảng đấu không quá khó khi chỉ có Malaysia là cứng cựa, ĐT Việt Nam đã không gặp trở ngại nào để vào bán kết với chuỗi 3 trận toàn thắng trước Myanmar (2-1), Malaysia (1-0) và Campuchia (2-1) tại vòng bảng được tổ chức ở Myanmar. Nhất bảng nên tránh được đối thủ “kỵ giơ” Thái Lan ở bán kết, đội đứng nhất bảng B, nên ĐT Việt Nam tràn đầy hy vọng để ít nhất hoàn thành mục tiêu chung kết. Phải thừa nhận rằng, HLV Nguyễn Hữu Thắng đã đem đến một luồng sinh khí mới cho ĐT Việt Nam khi dù sở trường là trung vệ nhưng ông xây dựng một lối chơi tấn công và phòng ngự được kết hợp khá hài hòa, không thực dụng theo chủ trương phòng thủ như dự đoán. Những gương mặt xuất sắc của bóng đá Việt Nam vào thời điểm đó như Trọng Hoàng, Văn Quyết, Công Vinh… đều tỏa sáng ở vòng bảng và hứa hẹn sẽ giúp ĐT Việt Nam bay cao.

Thất bại 1-2 trước Indonesia ngay tại chảo lửa Bung Karno của đối thủ không phải đã chặn đường tiến đối với ĐT Việt Nam. Thậm chí, đó được coi là “kết quả đẹp” cho đoàn quân của ông Nguyễn Hữu Thắng, nhất là có pha lập công trên sân đối phương, bởi còn trận lượt về trên sân Mỹ Đình. Có thể thấy, ĐT Việt Nam đã đem đến rất nhiều cảm xúc trái chiều cho khán giả trong trận lượt về này. Lilipaly “dội gáo nước lạnh” bằng bàn thắng dẫn điểm cho Indonesia ở phút 53. Đến phút 79, thủ môn Nguyên Mạnh như đặt dấu chấm hết cho đội chủ nhà bằng chiếc thẻ đỏ không đáng có. Tuy vậy, sai lầm chiến thuật của Indonesia khi lùi sâu phòng thủ để bảo vệ tỷ số đã mở ra đường sống cho một ĐT Việt Nam không còn gì để mất. Vũ Văn Thanh mở ra hy vọng bằng bàn san bằng tỷ số 1-1 ở phút 83. Quyết tâm thể hiện và đó cũng là cách để tưởng nhớ người cha vừa qua đời, chính cầu thủ vào sân từ ghế dự bị Minh Tuấn đã làm vỡ òa cầu trường bằng bàn thắng nâng tỷ số lên 2-1 ở phút bù giờ thứ ba của hiệp 2, qua đó, cân bằng tổng tỷ số 3-3 sau 2 trận và đưa 2 đội bước vào hiệp phụ.

Dù vậy, Indonesia đã không còn mắc sai lầm khi chơi phòng thủ như trước. Hơn người nên đội bóng xứ Vạn đảo gia tăng sức ép để có bàn thắng, qua đó giành vé vào chung kết với tỷ số chung cuộc 4-3. Dừng bước ở bán kết, HLV Nguyễn Hữu Thắng sau đó đã khóc trong phòng họp báo. Ông khóc bởi đội nhà thua một cách tiếc nuối bởi sai sót không đáng có của các học trò. Ông khóc bởi mục tiêu chung kết không thành hiện thực. HLV Nguyễn Hữu Thắng khóc bởi không hiện thực hóa được mục tiêu vô địch AFF Cup trên cương vị cầu thủ cũng như HLV trưởng ở ĐT Việt Nam. 

KẾT QUẢ CHUNG CUỘC
Vô địch: Thái Lan
Hạng nhì: Indonesia
Đồng hạng ba: Việt Nam, Myanmar